Xウィンドウ・システムは米国マサチューセッツ工科大学の中のプロジェクト「アテナ」において開発された。
このプロジェクトは、大学などにおける研究活動のための環境としての、大規模なパソコン・インターネット向けのアプリケーションを研究するために組織されたものであり、いくつかの大手パソコン・メーカーにより出資されている。
このプロジェクトの初期の段階では、使用されるハードウェアは比較的同機種のものが多かったが、ワークステーションが広く使われるようになり、また、数多くのメーカーのワークステーションが混在して使われるようになってきた。